W MPK S.A. w Krakowie obowiązuje "Instrukcja Kancelaryjna", która reguluje:
- tryb postępowania z pismami przychodzącymi i wychodzącymi,
- obieg pism wewnętrznych,
- zasady załatwiania spraw.

Przyjmowaniem spraw w formie pisemnej zajmuje się Biuro Obsługi Klienta mieszczące się przy ul. J. Brożka 3, czynne w dni robocze w godzinach 7.00 - 15.30.
Biuro Obsługi Klienta każdej sprawie nadaje numer i kieruje do właściwego adresata. W Biurze Obsługi Klienta można uzyskać informację, do której komórki wewnętrznej skierowana została sprawa do załatwienia.

Skargi i wnioski przyjmowane są w formie pisemnej (adres: MPK S.A. w Krakowie ul. J. Brożka 3, 30-347 Kraków), faksem (12-254-10-13), elektronicznej (poprzez formularz skarg, wybierając w formularzu kontaktowym Temat - "Skargi") i bezpośrednio czyli osobiście (w Biurze Obsługi Klienta) lub telefonicznie - Centrum Informacji Pasażerskiej tel. 19150.

Wszystkie skargi i wnioski rejestrowane są w Dziale Organizacyjnym, Kraków ul. Brożka 3.

Sprawami dotyczącymi windykacji opłat dodatkowych (nałożonych do dnia 31-01-2016 r) za przejazdy bez ważnych dokumentów przewozowych zajmuje się Dział Windykacji Opłat Dodatkowych, przy ul. Św. Wawrzyńca 13, pok. 208, tel. 12-254-13-12, czynny od poniedziałku do piątku w godz. 7.00 - 15.00.

Członkowie Zarządu przyjmują strony w siedzibie dyrekcji przy ul. J. Brożka 3 (po uprzednim uzgodnieniu terminu - tel. 12-254-10-10, 12-254-10-09).